Основан в 1891г. М.В.Ненцким. Отдел биохимии в 1945-1951гг. возглавлял В.А.Энгельгардт. Выдвинутое им понятие "функциональная биохимия" легло в основу исследований энергетического обмена тканей в связи с их функциональной деятельностью. В 1951-1976гг. под руководством В.С.Ильина ведущим направлением исследований было выяснение клеточных и молекулярных механизмов нервного и гормонального контроля энергетического обмена, их формирования в онтогенезе, нарушения при патологических состояниях организма. В 1962г. в отделе создается лаборатория липидного обмена под руководством А.Н.Климова с целью развитии биохимических исследований в области атеросклероза. В 1963г. на базе лаборатории энзимологии Отдела, которую с 1956г. возглавлял С.А.Нейфах, была организована самостоятельная Лаборатория биохимической генетики. В ней проводились исследования клеточных механизмов наследственности, генетических функций и биогенеза митохондрий. В 1975-1995гг. Отдел биохимии возглавлял А.Н.Климов, под руководством которого развернулись обширные комплексные исследования по изучению обмена липидов, липопротеидов и патогенеза атеросклероза. В 1996 году А.Н.Климову вручен диплом Почетного доктора ИЭМ.

Основным направлением исследований, проводимых в настоящее время, является изучение патогенеза атеросклероза - биохимических, молекулярно-биологических и морфологических аспектов развития этого заболевания. Одно из крупнейших достижений Отдела - создание аутоиммунной теории патогенеза атеросклероза. В ее основе лежит феномен появления аутоантигенности у аполипопротеин В-содержащих липопротеидов и образование аугоантител к липопротеидам, формирование аутоиммунных комплексов липопротеид- антитело. Такие комплексы активно захватываются макрофагами, что приводит к избыточному накоплению холестерина в них и формированию пенистых клеток - обязательных компонентов атеросклеротических поражений.

В последние годы установлено, что причиной развития аутоиммунного ответа на липопротеиды, а в итоге формирования аутоиммунного комплекса липопротеид-антитело, является модификация липопротеидов. Полученные данные позволили разработать и внедрить в практику два способа лечения больных атеросклерозом, ориентированных на снижение концентрации аутоиммунных комплексов липопротеид-антитело в крови больных, Оба способа показали хороший клинический эффект.

Наряду со способностью индуцировать аутоиммунный ответ, модификация липопротеидоп приводит и к другим последствиям, в том числе, к повышенному их захвату макрофагами с формированием пенистых клеток. Выдвинута концепция предмодифицированности плазменных липопротеидов, основанная на предположении, что в кровотоке липопротеиды повергаются минимальной модификации, но становятся значительно менее устойчивыми к дальнейшей полной модификации. При изучении перекисной модификации липопротеидов в Отделе впервые было установлено, что липопротеиды высокой плотности предупреждают перекисное окисление липопротеидов. Впоследствии защитное действие липопротеидов высокой плотности было подтверждено и в других лабораториях мира. Вместе с тем установлено, что накопление продуктов перекисного окисления в самих липопротеидах высокой плотности приводит к снижению их способности акцептировать холестерин, то есть к снижению их антиатерогенной активности.

Параллельно проводятся исследования, посвященные генотерапии атеросклероза. В качестве гена, активность которого следует повышать для профилактики и лечения атеросклероза, был выбран ген аполипопротеина A-I, основного белка липопротеидов высокой плотности. На первых этапах работы ген апо A-I человека в составе рекомбинантных ретровирусов был перенесен в культивируемые клетки млекопитающих, и продемонстрирована его работа в клетках-мишенях-Последний раздел исследований был выполнен совместно с Отделом молекулярной генетики Института.

С 1975 года в рамках российско-американского сотрудничества проводятся популяционные исследования, посвященные выяснению связи нарушений липидного обмена и других факторов риска с развитием ИБС, Под наблюдением находятся около 10000 жителей Санкт- Петербурга, обследуемых по программам, предусматривающим изучение медико- физиологических и социально-экономических показателей (более 100 параметров). Это одна из крупнейших в мире популяционных выборок. Установлено, что смертность от ишемической болезни сердца, одного из наиболее грозных осложнений атеросклероза, у мужчин связана с уровнем общего холестерина, тогда как у женщин отмечается "пороговый" эффект влияния холестерина. Кроме концентрации общего холестерина в крови, на смертность от ишемической болезни сердца у мужчин значимое влияние оказывают возраст, артериальное давление и масса тела, а у женщин - только возраст и артериальное давление.

В развитие идей Н.Н.Аничкова продолжается изучение пато- и морфогенеза атеросклероза. В исследованиях отдела представлен морфологический анализ атеросклеротических поражений сосудов в условиях сенсибилизации к апопротеин В-содержащим липопротеидам с нарушением функции иммунорегуляторных лимфоцитов. Использование гисто- и электронно-микроскопической радиоавтографии позволило изучать механизмы и пути транспорта лшш-протеидов в сосудистую стенку на фоне развития экспериментальной гиперхолестеринемии у кроликов. Комплексное применение сканирующей и трансмиссионной электронной микроскопии позволило исследовать в начальных и прогрессирующих стадиях атерогенеза у человека особенности адгезии негранулярных лейкоцитов на эндотелии и пути их миграции в сосудистую стенку. Охарактеризован фенотип макрофагов, которые в атеросклеротических поражениях артерий не трансформируются в пенистые клетки, а участвуют в презентации аутоантигенов Т-клеткам. Разрабатывается концепция о роли иммунного воспаления в атерогенезе, Получены данные, позволяющие рассматривать формирующуюся атеросклеротическую бляшку как очаг местного иммунного воспаления.

В ближайшие годы будут продолжены исследования, посвященные изучению иммунологических механизмов развития атеросклероза, роли в этих процессах модификации липопротеидов. Планируется также установить липид-белковые и белок-белковые взаимодействия в липопротеидной частице, роль этих взаимодействий в определении ее метаболических и физиологических свойств, выяснить особенности развития атеросклероза у лиц с нормальным и пониженным уровнем липидов в крови. Предполагается продолжение исследований по генотерапии атеросклероза.