Организована в 1907г. под руководством А.Н.Соловьева. Важным шагом на пути укрепления прямых творческих связей научных подразделений Института с клинической медициной и здравоохранением явилось воссоздание в 1981г. собственной Клиники. В 1988г. вступил в строй новый клинико-лабораторный корпус. Однако в 1990г. здания Клиники были включены НПЦ "Мозг" АН СССР и Минздрава СССР. В 1992г. Клиника Института была возрождена и ныне располагается в арендуемых помещениях. Она располагает 120 койками, из них 60 коек неврологического профиля и 60 коек в отделении нарушений липидного обмена и атеросклероза. Клиника тесно сотрудничает с городскими больницами N9 и Святой Преподобномученицы Елизаветы.

Основной контингент составляют больные с коронарным атеросклерозом, хронической ишемической болезнью сердца и церебральным атеросклерозом, а также люди, имеющие двигательные и речевые нарушения после инсульта и черепно-мозговых травм, страдающие эпилепсией и эписиндромом, рассеянным склерозом и другими заболеваниями. Клиника оснащена современным медицинским оборудованием. В ее распоряжении универсальные японский электрокардиографы, системы суточного мониторирования ЭКГ, электрознцефалограф, эховазоскоп, миограф, ультразвуковой доплеровский комплекс. Кроме того, широко используется оснащение научных отделов Института. Работа ведется в тесном сотрудничестве с научно-исследовательскими подразделениями Института:
Физиологическим отделом им.И.П.Павлова, отделами Биохимии, Иммунологии и Нейрофармакологии им.С.В.Аничкова. Сотрудниками клиники проводится большая лечебная и научно-исследовательская работа совместно с учеными Института. Успешно применяется метод ликвотерапии, разработанный в Физиологическом отделе им.И.П.Павлова. Метод эффективен у больных, имеющих двигательные и речевые нарушения после инсультов и черепно-мозговых травм, оказывает положительное действие при дегенеративно- дистрофических заболеваниях нервной системы, таких как рассеянный склероз. Используется психо-физиологическая методика оценки высших мозговых функций. Метод ликвотерапии успешно дополняется занятиями больных на комплексе физического биоуправления с психологической разгрузкой и тренировкой различных социально-бытовых навыков, мануальной терапией, иглорефлексотерапией. Разработана компьютерная карта комплексной оценки состояния больных и динамики функций организма человека в процессе лечения и реабилитации.

В клинике исследуется эффективность лечения нарушений липидного обмена у больных с коронарным атеросклерозом и хронической ишемической болезнью сердца с помощью новых медикаментозных и экстра-корпоральных методов. По заданию Фармакологического комитета России проводятся испытания новых гиполи-пидемических препаратов: лескола (фирма Sandos, Швейцария) и эндурацина (фирмы Рос-Ам-Биз, Россия, США). Продолжается научная работа по диагностике скрытых форм ишемической болезни сердца с помощью велоэргометрических проб и сцинтиграфии миокарда. Успешно используется метод лечения больных с атеросклерозом - криоплазмосорбция, разработанный совместно сотрудниками отдела Биохимии и Клиники экстракорпоральной гемокоррекции.

Сотрудники клиники участвуют в национальных и международных научных конференциях, съездах, симпозиумах. Проводится большая работа по подготовке медицинских кадров: на базе клиники проходят обучение клинические ординаторы по специальностям "неврология" и "кардиология".