В большинстве медицинских журналов помещаются рекламные объявления, приносящие издателям доход. Однако они не должны оказывать влияния на редакционные решения. Редакторы обязаны полностью отвечать за рекламную политику. У читателей должна быть возможность различать рекламный и редакционный материал. Следует избегать одновременного появления редакционного и рекламного материала, касающегося одной итой же продукции или темы; нельзя продавать рекламное место в журнале, если рекламодатель выдвигает условие, чтобы реклама была опубликована в том же номере журнала, что и статья по данной теме.

Журналы не должны полностью зависеть от помещаемой в них рекламы, однако редакторам не следует публиковать объявления только одного или двух рекламодателей, так как у читателей может сложиться впечатление, что они оказывают влияние на редактора.

Журналы не должны содержать рекламу продукции, которая может нанести серьезный вред здоровью, например, табачных изделий. Редакторам следует убедиться, что рекламные объявления публикуются в соответствии с общепринятыми правилами, или разработать свои собственные стандарты. В конечном счете, редакторы должны учитывать все критические замечания, высказываемые в адрес рекламных объявлений, предназначенных для публикации.